متن پیام به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر  جان عزیز و گرانبها را به خاطر تلاش های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست.

دو موضوع مهم را همه‌ دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه‌ بخش هایی که وی بدانها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه‌ علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت می گویم و علو درجات او را از خداوند مسألت می کنم.

سیّدعلی خامنه‌ای

۸ آذرماه ۹۹